Le Sommet de Nairobi en 2007 a établi le Mécanisme régional de suivi pour faciliter la mise en œuvre du Pacte. Il comprend le Sommet des chefs d'État et de gouvernement, le Comité interministériel régional, le Secrétariat de la Conférence, les mécanismes nationaux de coordination, le Mécanisme de collaboration et d'autres structures ou forums spécifiques, selon le cas, pour assurer la mise en œuvre du Pacte.

Le Sommet des chefs d'État et de gouvernement

Conformément à l'article 23 du Pacte, il est l'organe suprême de la CIRGL et est présidé par un chef d'État ou de gouvernement à tour de rôle tous les deux ans. Il se réunit tous les deux ans en sessions ordinaires. À titre exceptionnel, une session extraordinaire du Sommet peut être convoquée à la demande d'un État membre et avec le consentement d'une majorité qualifiée de huit États membres présents et votants ayant ratifié le Pacte.

La Troïka

Elle est composée du Président en exercice, du Président sortant et du Président suivant. Conformément à l'article 23 (5), la Troïka est tenue d'assister le Président dans l'exécution de son mandat. Elle facilite des consultations régulières et constantes en dehors des réunions formelles habituelles.

Le Comité interministériel régional (CIR)

Il s'agit de l'organe exécutif de la CIRGL, composé des ministres des Affaires étrangères des États membres. Selon la partie, le CIR se réunit deux fois par an en session ordinaire, mais peut également se réunir en session extraordinaire à la demande des États membres. Il est présidé par le ministre d'un État membre, à tour de rôle.

Le Secrétariat de la Conférence

Le Secrétariat de la Conférence est l'organe technique et de coordination de la Conférence. Dirigé par un Secrétaire exécutif, il est chargé de coordonner, de faciliter et de suivre la mise en œuvre du Pacte et des Programmes d'action pour instaurer la paix, la sécurité et le développement dans la région des Grands Lacs. Le Secrétariat a également pour mandat de coordonner la mise en œuvre des décisions du Sommet. Le Secrétariat a son siège à Bujumbura, au Burundi.

Il comprend les organes/centres décentralisés suivants :

Centre régional Levy Mwanawasa pour la démocratie et la bonne gouvernance (LMRC) ; créé en 2011 et mandaté pour mener des recherches et des analyses opérationnelles afin de contribuer aux processus d'élaboration des politiques coordonnés par le Secrétariat.

Centre régional de formation (RTF) sur les violences sexuelles et sexistes, Kampala ; créé en 2014 conformément au Protocole de la CIRGL sur la prévention et la répression des violences sexuelles à l'égard des femmes et des enfants. Son mandat est de « …former et sensibiliser les unités de police, les magistrats, les médecins, les travailleurs sociaux et les autres catégories de personnes chargées de traiter les cas de violences sexuelles. »

Mécanisme conjoint de vérification élargi (MCVE), Goma ; Lancé en septembre 2012 à Goma, il est composé d'experts militaires des États membres de la CIRGL, d'Afrique du Sud, de la MONUSCO et de l'UA. Il surveille et mène des enquêtes sur les incidents de sécurité.

Centre conjoint de fusion du renseignement (CCR) de Goma ; Composé de deux représentants de chacun des 11 États membres, il est géré par un Comité régional de coordination (CRC) tournant. Le CCR rend compte au CRC et au président de l'état-major des armées de la CIRGL, qui rend compte au Comité des ministres de la Défense.

Mécanisme conjoint de suivi (MCS) sur les ADF, Kasese ; Il a été créé le 18 février 2017. Il est composé d'experts en lutte antiterroriste de la RDC, du Kenya, de l'Ouganda et de la Tanzanie.

Mécanismes nationaux de coordination (MNC)

Le Pacte prévoit également des Mécanismes nationaux de coordination, créés dans chaque État membre pour faciliter sa mise en œuvre. Le MNC comprend également des représentants de la société civile, des femmes et des jeunes, afin d'assurer un suivi concerté de la mise en œuvre des décisions prises par le Sommet et le RIMC.