A Cimeira realizada em Nairobi em 2007 estabeleceu o Mecanismo Regional de Acompanhamento para facilitar a implementação do Pacto. Este mecanismo inclui a Cimeira de Chefes de Estado e de Governo, o Comité Interministerial Regional, o Secretariado da Conferência, os Mecanismos Nacionais de Coordenação, o Mecanismo de Colaboração e outras estruturas ou Fóruns específicos, conforme o caso, para garantir a implementação do Pacto.

A Cimeira dos Chefes de Estado e de Governo

De acordo com o artigo 23.º do Pacto, é o órgão supremo da CIRGL e é presidida por um Chefe de Estado ou de Governo, rotativamente, de dois em dois anos. Reúne de dois em dois anos em sessões ordinárias. Excepcionalmente, poderá ser convocada uma sessão extraordinária da Cimeira a pedido de um Estado-Membro e com o consentimento de uma maioria qualificada de oito Estados-Membros presentes e votantes, que tenham ratificado o Pacto.

A Troika

É composto pelo Presidente atual, pelo Presidente anterior e pelo Presidente seguinte. De acordo com o Artigo 23(5), a Troika é obrigada a auxiliar o Presidente na execução do seu mandato. Facilita consultas regulares e constantes fora das reuniões formais habituais.

Comité Interministerial Regional (RIMC)

Trata-se do órgão executivo da CIRGL, composto pelos Ministros dos Negócios Estrangeiros dos Estados-Membros. De acordo com o referido regulamento, o RIMC deverá reunir duas vezes por ano em sessão ordinária, mas poderá também reunir em sessão extraordinária a pedido dos Estados-Membros. É presidido pelo Ministro de um Estado-Membro, em regime de rotatividade.

Secretariado da Conferência

O Secretariado da Conferência é o órgão técnico e de coordenação da Conferência. É dirigido por um Secretário Executivo e é responsável por coordenar, facilitar e monitorizar a implementação do Pacto e dos Programas de Acção para alcançar a paz, a segurança e o desenvolvimento na Região dos Grandes Lagos. O Secretariado tem ainda o mandato de coordenar a implementação das decisões da Cimeira. O Secretariado tem a sua sede em Bujumbura, Burundi.

Possui os seguintes organismos/centros descentralizados:

Centro Regional Levy Mwanawasa sobre Democracia e Boa Governação (LMRC); foi criado em 2011 e tem como missão conduzir pesquisas e análises operacionais para contribuir para os processos de formulação de políticas coordenados pelo Secretariado.

Centro Regional de Formação (RTF) sobre VSG, Kampala; foi criado em 2014, de acordo com o Protocolo da CIRGL sobre Prevenção e Supressão da Violência Sexual contra Mulheres e Crianças. O mandato é “…formar e sensibilizar as unidades policiais, oficiais de justiça, médicos, assistentes sociais e outras categorias de pessoas que lidam com casos de violência sexual.

Mecanismo de Verificação Conjunta Expandido (EJVM), Goma; Foi lançado em setembro de 2012 em Goma e é composto por especialistas militares dos Estados-Membros da CIRGL, África do Sul, MONUSCO e UA. Monitoriza e realiza investigações sobre incidentes de segurança.

Centro Conjunto de Fusão de Informações (JIFC), Goma; É composto por dois representantes de cada um dos 11 Estados-Membros e é gerido por um Comité de Coordenação Regional (RCC) rotativo. O JIFC reporta ao RCC e ao Presidente do Estado-Maior da Defesa da CIRGL, que por sua vez reporta ao Comité de Ministros da Defesa.

Mecanismo Conjunto de Acompanhamento (MCA) da ADF, Kasese; Foi estabelecido a 18 de fevereiro de 2017. É composto por especialistas em contraterrorismo da RDC, Quénia, Uganda e Tanzânia.

Mecanismos Nacionais de Coordenação (MNCs)

O Pacto prevê ainda Mecanismos Nacionais de Coordenação, estabelecidos em cada Estado-Membro para facilitar a aplicação do Pacto nos Estados-Membros. O NCM inclui também representantes da sociedade civil, mulheres e jovens, a fim de garantir um acompanhamento coordenado da implementação das decisões tomadas pela Cimeira e pela RIMC.